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Floyd Romesberg | 化學(xué)家做生物,上帝也擋不??!

來(lái)源:未來(lái)論壇(ID:futureforum)      2019-05-14
導(dǎo)讀:Floyd Romesberg教授的成長(zhǎng)背景和科學(xué)道路,使我們明白跨界科研的創(chuàng)造性優(yōu)勢(shì)。他師從無(wú)機(jī)化學(xué)大師David Collum。有趣的是,他帶著研究鋰電池、金屬鋰化學(xué)的學(xué)術(shù)經(jīng)歷,進(jìn)入了生物領(lǐng)域,用他的化學(xué)思維去研究生物醫(yī)藥。在過(guò)去18年里,F(xiàn)loyd建立了三個(gè)完全不同的項(xiàng)目,每個(gè)領(lǐng)域都世界領(lǐng)先。

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其中之一是蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)。他借助鋰化學(xué)的熱力學(xué)原理,以光譜學(xué)研究蛋白質(zhì)如何移動(dòng),不是折疊,而是如何移動(dòng)。他研究當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)移動(dòng)時(shí),它們是如何影響我們身體功能的。他是我們稱之為生物物理學(xué)科的領(lǐng)軍人物。

 

Floyd Romesberg踏足的第二個(gè)領(lǐng)域是抗生素。他對(duì)廣譜或窄譜抗生素概念非常有興趣,成功開(kāi)發(fā)了兩種革蘭氏陰性效果的抗生素。今年52歲的他已經(jīng)擁有兩家公司,其中一家已經(jīng)上市,另一家公司剛完成一輪總額6500萬(wàn)美元的投資。

 

在建立第三個(gè)項(xiàng)目的時(shí)候,他決定和上帝好好聊聊。所以他花了18年時(shí)間去研究核酸,上帝說(shuō)人只能將ATCG作為DNA序列的密碼,他卻通過(guò)疏水作用力用其他分子改變了DNA在新生命體中的編碼方式。在第44期理解未來(lái)講座中,F(xiàn)loyd就和我們分享了他是如何和上帝溝通的。下面是Floyd的精彩演講《可儲(chǔ)存與檢索新增遺傳信息的半人工合成生命體》(部分文字有調(diào)整)




基因是什么?遺傳信息的載體


我實(shí)驗(yàn)室做的工作是想看看能否可以自己不制造分子和替代品,而是讓人體自身的細(xì)胞為我們制造分子。分子是有可能會(huì)根據(jù)我們的需求定制的。因?yàn)樯杉?xì)胞構(gòu)成,細(xì)胞都有細(xì)胞核,細(xì)胞核由染色體構(gòu)成,染色體是DNA分子經(jīng)過(guò)纏繞與蛋白質(zhì)共同形成的。染色體的分子結(jié)構(gòu),也就是著名的DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)。

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DNA就是一個(gè)螺旋狀的生物大分子。我們?nèi)祟?lèi)的遺傳信息都儲(chǔ)存在DNA序列中,而DNA用ATCG四種堿基來(lái)編碼遺傳信息。這四種堿基相互之間有配對(duì)關(guān)系,A和T配對(duì),C和G配對(duì),經(jīng)過(guò)配對(duì)之后就形成雙鏈結(jié)構(gòu),又因?yàn)榛瘜W(xué)穩(wěn)定的傾向性,最終形成了雙螺旋結(jié)構(gòu),這就是DNA序列。這個(gè)序列有多長(zhǎng)呢?有30億個(gè)堿基對(duì),也就是30億個(gè)A-T、G-C字母對(duì)。不同的DNA區(qū)別僅在于字母的排列順序不同。

 

DNA是可以復(fù)制的。當(dāng)細(xì)胞分裂的時(shí)候,細(xì)胞核也要分裂,基因組也會(huì)分裂,每次分裂之前它的DNA一定要復(fù)制一遍。怎樣復(fù)制?既然DNA通過(guò)ATCG四個(gè)字母來(lái)編碼遺傳信息,那誰(shuí)來(lái)解碼呢?怎么解碼呢?

 

負(fù)責(zé)解碼的是RNA聚合酶,它是一個(gè)蛋白,在DNA上面可以把雙螺旋打開(kāi),像一只手一樣把雙鏈結(jié)構(gòu)分開(kāi),分開(kāi)之后單鏈就露出來(lái)了,然后RNA就會(huì)以單鏈序列為模板把信息抄寫(xiě)到另一個(gè)分子——RNA分子上。RNA分子結(jié)構(gòu)和DNA很像,也是四個(gè)堿基,即AUGC,A對(duì)U,G對(duì)C,也就是說(shuō)能根據(jù)DNA的堿基配對(duì),把DNA序列原封不動(dòng)的拷貝到RNA分子上,這個(gè)過(guò)程叫做轉(zhuǎn)錄。

 

單鏈RNA分子形成以后,會(huì)被從細(xì)胞核運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)里。之后更神奇了,有一個(gè)巨大的分子機(jī)器叫做核糖體,它就好像一個(gè)組裝機(jī)器的流水線,把RNA上面的四個(gè)字母以每三個(gè)字母搭配一種氨基酸(氨基酸是組成蛋白的基本材料,人體有20種常見(jiàn)的氨基酸)轉(zhuǎn)變?yōu)榘被嵝蛄?,這個(gè)生產(chǎn)線過(guò)完之后就會(huì)形成一長(zhǎng)串氨基酸鏈,這個(gè)鏈經(jīng)過(guò)折疊后就變成了蛋白。不同的三個(gè)字母搭配不同的氨基酸會(huì)組成不同的蛋白,而蛋白是大多數(shù)生命的細(xì)胞里最重要的活性大分子。所以蛋白的組成在很大程度上的決定了你的細(xì)胞是什么樣子,每個(gè)物種是什么樣子。


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上帝說(shuō)就4個(gè)字母,我問(wèn)如果是6個(gè)呢?


我和我的團(tuán)隊(duì)感興趣的是如果超越四個(gè)堿基和雙鏈結(jié)構(gòu)呢?能不能是五個(gè)或者六個(gè)字母呢?能不能是三鏈結(jié)構(gòu)呢?那會(huì)生成什么樣的蛋白質(zhì)呢?會(huì)產(chǎn)生什么樣的結(jié)果呢?在告訴大家方法論前,我先來(lái)講講我這樣做的動(dòng)機(jī)。

 

動(dòng)機(jī)分兩種,概念性動(dòng)機(jī)和實(shí)用性動(dòng)機(jī)。從有人以來(lái),人們就開(kāi)始思考,生命是什么?生命由什么組成?分子嗎?如果是,那是什么分子?對(duì)于這個(gè)問(wèn)題,人們有不同的解讀。有人說(shuō)生命和分子已經(jīng)如此完美,它們是造物主存在的證據(jù)。上帝將生命注入物質(zhì),注入到分子中,這樣分子才得以在生命中發(fā)揮作用。有些人則和達(dá)爾文站在一起,認(rèn)為生命是進(jìn)化得來(lái)的。不過(guò)不論你同意哪種觀點(diǎn),有一點(diǎn)是可以確定的,那就是自然造物已經(jīng)如此完美,而經(jīng)歷過(guò)數(shù)十億年的進(jìn)化,大自然已經(jīng)沒(méi)有多少空間留給化學(xué)家去造物了。那化學(xué)家還能做什么呢?

 

從實(shí)用角度看,從胰島素開(kāi)始,蛋白質(zhì)藥物已經(jīng)顛覆了整個(gè)醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)。如今蛋白質(zhì)治療劑的種類(lèi)越來(lái)越多,它做了很多小分子藥物做不了的事情。我們是不是可以這方面入手開(kāi)發(fā)出新的蛋白或者蛋白藥物呢?


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如果你對(duì)此感興趣,就必須設(shè)法做出我提到的第五個(gè)和第六個(gè)字母,這樣才可以在生物體中編碼出和常見(jiàn)的二十個(gè)氨基酸不一樣的氨基酸。自然系統(tǒng)的工作方法,正如我提到的G配對(duì)C、A配對(duì)T,它是通過(guò)共享氫原子來(lái)實(shí)現(xiàn),科學(xué)家稱之為氫鍵。因此G具有粘附于C的氫鍵模式,A具有與T互補(bǔ)的氫鍵模式。現(xiàn)在,為了搭配出第五和第六個(gè)人工的字母對(duì),來(lái)形成第三對(duì)人工堿基對(duì),科學(xué)家借助了核苷酸。我們必須考慮應(yīng)當(dāng)嘗試?yán)檬裁礃拥淖饔昧?。在自然界中有很多種作用力,我們不必非要使用自然界賴以用于信息和存儲(chǔ)和檢索的那個(gè)作用力。


疏水作用力,就是你了


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事實(shí)上,有一種強(qiáng)大的作用力稱為疏水作用力。它被認(rèn)為是控制早期蛋白質(zhì)折疊過(guò)程的主要作用力。舉例說(shuō)明,如果你把水和油混合起來(lái),它們會(huì)互相逃避,不會(huì)混在一起。因此,如果我們制作疏水性的核苷酸類(lèi)似物,像油一樣它們不會(huì)和類(lèi)似水一樣的堿基配對(duì),但它們可能會(huì)相互配對(duì)。所以我們可以使用這種作用力,因?yàn)樗痛笞匀凰玫淖饔昧Σ灰粯印D敲次覀兪欠窨梢岳檬杷饔没蚱渌逊e作用力來(lái)實(shí)現(xiàn)遺傳信息的穩(wěn)定儲(chǔ)存和檢索呢?這就是最初的想法。所以我的實(shí)驗(yàn)室開(kāi)始沿著這個(gè)方向探索。我是個(gè)化學(xué)家,我們從藥物化學(xué)的角度思考問(wèn)題。我們?cè)囍没瘜W(xué)藥物開(kāi)發(fā)的方法制造類(lèi)似物。


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大家從下圖可以看到一部分堿基,它是雙鏈螺旋字母的一部分。你們可以看到結(jié)構(gòu),雙鏈之間的梯子,這些通常相是會(huì)互相作用的部分。里面還有一些額外的糖和形成寡核苷酸或DNA的磷酸鹽,這里就不詳細(xì)描述了。我們?cè)O(shè)計(jì)的所有類(lèi)似物都是疏水性的,它們被設(shè)計(jì)成用疏水作用力彼此配對(duì),而非互補(bǔ)氫鍵作用。然后我們開(kāi)始嘗試制造這些類(lèi)似物。

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就像我上面說(shuō)的,我們用的是藥物化學(xué)的方法。我們首先嘗試的是制作一些簡(jiǎn)單的堿基對(duì),把它們放入DNA,看看細(xì)胞中的DNA聚合酶在復(fù)制DNA信息的時(shí)候能否能識(shí)別它們,以此分析這些人造堿基對(duì)的能力。剛開(kāi)始的時(shí)候,我們只能在試管里做實(shí)驗(yàn),因?yàn)樵缙诘膲A基表現(xiàn)欠佳。它們幾乎無(wú)法被DNA聚合酶識(shí)別。我們瞪大眼睛仔細(xì)看,但看不到任何被識(shí)別的跡象。后來(lái)我們發(fā)現(xiàn)了一些稍微活躍一點(diǎn)的堿基,我們把它們收集起來(lái),仔細(xì)觀察它們有什么不同之處。據(jù)此我們開(kāi)始混合、匹配并組合差異,提升它們的多樣性。這是醫(yī)藥化學(xué)研究化學(xué)藥物的方法。

 

他們建立了所謂的結(jié)構(gòu)活性關(guān)系,以了解分子設(shè)計(jì)中的特定變化如何影響其行為。一旦構(gòu)建這些關(guān)系,你就可以用這些關(guān)系設(shè)計(jì)其他類(lèi)似物以繼續(xù)完成該過(guò)程。所以我們篩選了很多類(lèi)似物。這些類(lèi)似物,現(xiàn)在在實(shí)驗(yàn)室中被稱為“第一代類(lèi)似物”。你可以看到它們都相當(dāng)?shù)拇?,隨著我們?cè)阶鲈胶?,我們開(kāi)始探索一些更小的(如下圖)。這些,現(xiàn)在在實(shí)驗(yàn)室中被我們稱為“第二代類(lèi)似物”。你看,我們正在探索很多不同類(lèi)型的東西。我們正在研究不同的氟、處于不同位置的氟原子,或這種取代基,這是甲基中的氧或僅僅是簡(jiǎn)單的甲基,許多不同大小的環(huán)。


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第一代類(lèi)似物


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第二代類(lèi)似物


經(jīng)過(guò)不停探索,大約14年后終于找到了一對(duì),我們稱之為dNaM-dTPT3。我在這里展示它在DNA里的樣子,也正好可以再次向大家展示維持天然堿基對(duì)的氫鍵。

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這是堿基A和T及令他們粘在一起形成雙鏈的互補(bǔ)氫鍵。如我所說(shuō),它也是能夠被復(fù)制和信息最終以蛋白質(zhì)形式表達(dá)的能力基礎(chǔ)。這里有兩個(gè)A-T對(duì)。這是我們的堿基對(duì)(灰色部分)。我們的沒(méi)有額外的氫鍵,但它們卻能抱在一起。首先我認(rèn)為這是一個(gè)非常有概念意義的結(jié)果。如果觀察自然形成的DNA雙鏈體,你會(huì)發(fā)現(xiàn),那些互補(bǔ)的氫鍵是它們中最明顯的部分,并且每個(gè)人都認(rèn)為它們是DNA必不可少的。而我們告訴大家,也許任何你可以駕馭的作用力,任何你作為化學(xué)家可以理解和研究的作用力,你都可以調(diào)配,并用來(lái)儲(chǔ)存和表達(dá)信息。所以我們開(kāi)始重復(fù)利用這種疏水作用力。

 

我們很想在活體細(xì)胞內(nèi)嘗試這一發(fā)現(xiàn)。但在此之前,我想先告訴大家一些關(guān)于我們研究機(jī)制的細(xì)節(jié),因?yàn)槲艺J(rèn)為這個(gè)故事非常精彩,是我最喜歡的實(shí)驗(yàn)室故事之一。開(kāi)發(fā)出這些人工堿基對(duì)后,我們假設(shè)即使沒(méi)有氫鍵,它看起來(lái)也會(huì)很像天然堿基對(duì)。大家都認(rèn)為聚合酶的能力是復(fù)制DNA序列信息然后將其轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)中。每個(gè)聚合酶會(huì)識(shí)別特定的天然堿基對(duì),也就是GC或AT。事實(shí)上,這對(duì)堿基被稱為沃森-克里克堿基對(duì)??赡艽蠹叶悸?tīng)說(shuō)過(guò),它是化學(xué)領(lǐng)域最著名的結(jié)構(gòu)之一。因此,在圣地亞哥大學(xué)的最后階段,我們解出了雙鏈DNA中非天然堿基對(duì)的結(jié)構(gòu)。下圖里有十個(gè)不同結(jié)構(gòu),這是十個(gè)不同結(jié)構(gòu)的疊加,這里是平均結(jié)構(gòu)。


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大家從上圖中可以看到,這些美麗的堿基對(duì)從上到下地排列在DNA里。中間這個(gè)是我們的,看起來(lái)不像天然堿基對(duì)。我把這個(gè)堿基放大,就是這個(gè)交互的部分允許它們配對(duì)。這是一個(gè)GC堿基對(duì),G通過(guò)氫鍵和C配對(duì)。無(wú)論是CG還是GC,TA或AT都無(wú)關(guān)緊要。所有這些堿基對(duì)形成完全相同的結(jié)構(gòu)。無(wú)論是在雙鏈DNA或者在合成堿基對(duì)的過(guò)程中,它們總是形成相同的結(jié)構(gòu)。我們的人工堿基對(duì)的配對(duì)方式就完全不一樣??茖W(xué)家稱之為嵌插作用。

 

讓我們用藥物研發(fā)的思維來(lái)看這個(gè)問(wèn)題。假設(shè)你發(fā)現(xiàn)了一種可以殺死細(xì)菌的分子,然后你拿去找輝瑞或諾華,讓他們把它做成藥。他們會(huì)問(wèn)你:“它的靶標(biāo)是什么?作用機(jī)制是什么?”如果你的回答是:“誰(shuí)在乎呢!我已經(jīng)證明它有活性了。”那藥企什么支持都不會(huì)給你。因?yàn)獒t(yī)藥研發(fā)花費(fèi)巨大,藥物研發(fā)有嚴(yán)格流程,你想得到資金支持,必須弄明白你的分子的靶標(biāo)和作用機(jī)制。


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所以在這里概念是類(lèi)似的。我們已知DNA聚合酶可識(shí)別看起來(lái)像這樣的東西,我們的小東西看起來(lái)不像這樣(如上圖)。事實(shí)上,我們的家伙看起來(lái)像一個(gè)大自然的錯(cuò)配。眾所周知,DNA聚合酶已經(jīng)進(jìn)化為拒絕自然錯(cuò)配,所以我們?cè)谶@里必須做些偽裝。我們希望研究復(fù)制過(guò)程中的結(jié)構(gòu)。我和康斯坦斯大學(xué)的朋友安迪·馬克斯(Andreas Marx)合作,我們得到了各種各樣的結(jié)構(gòu)。

 

為了說(shuō)明這一點(diǎn),我必須先簡(jiǎn)要地講講DNA聚合酶是如何工作的。它負(fù)責(zé)復(fù)制DNA。它看起來(lái)像一只右手。 在酶里面你正在復(fù)制的DNA模板就像這樣待在里面。當(dāng)你把正確的單體加入到正在生長(zhǎng)的DNA中的時(shí),它會(huì)使酶的指狀結(jié)構(gòu)域落在酶的手掌和拇指區(qū)域上,形成非常緊密的封閉復(fù)合物。它就像一個(gè)拳頭,有選擇地非常具體地識(shí)別我說(shuō)的那些沃森-克里克堿基對(duì)。我們的任務(wù)是找到任何類(lèi)似這樣的東西,這就要思考兩件事。

 


兩件需要思考的事


第一個(gè)是我們的堿基對(duì)的結(jié)構(gòu)要足夠強(qiáng)大,以驅(qū)動(dòng)聚合酶中同樣大的構(gòu)象變化。

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第二個(gè)是個(gè)問(wèn)題,聚合酶到底在識(shí)別什么?如此緊密復(fù)雜的識(shí)別是什么?因?yàn)槲覀兊膲A基對(duì)看起來(lái)完全不像沃森-克里克堿基對(duì),它看起來(lái)像是一個(gè)應(yīng)該被拒絕的錯(cuò)誤配對(duì)。我們和安迪一起開(kāi)發(fā)了一些結(jié)構(gòu),我只會(huì)向大家展示一些重要的部分。這是二元復(fù)合物,二元意味著它由兩個(gè)部分組成。在這種情況下,它由正在合成的DNA和合成它的聚合酶組成。所以還沒(méi)有三磷酸鹽、也沒(méi)有單體被添加到正在增長(zhǎng)的DNA中。這是我展示的唯一的聚合酶部分,它被稱為O和O 1螺旋,它是我提到的那個(gè)手指域的基礎(chǔ)。而這里是我們的小家伙從開(kāi)發(fā)的螺旋中跳出來(lái),無(wú)所適從。

 

現(xiàn)在這個(gè)是在科學(xué)中被稱為三元復(fù)合物的,因?yàn)樗扇齻€(gè)部分組成,分別是:DNA模板、聚合酶和添加到DNA生長(zhǎng)鏈中的單體。 可以看到我們的單體進(jìn)入我們的人工堿基,你可以看到它去結(jié)合的模板現(xiàn)在已經(jīng)轉(zhuǎn)變?yōu)檎诎l(fā)展的雙鏈體,進(jìn)入不斷增長(zhǎng)的DNA鏈。在聚合酶中也獲得了大的構(gòu)象變化。這里是這個(gè)結(jié)構(gòu)的輪廓,在這兒大家可以看到構(gòu)象的變化。

 

現(xiàn)在為了說(shuō)明它與由天然堿基對(duì)形成引起的構(gòu)象變化完全相同,這里是三元結(jié)構(gòu),它正在合成我們的天然堿基對(duì),另一個(gè)在合成GC堿基對(duì)。所以你看,它們的結(jié)構(gòu)即使在側(cè)鏈的水平上也是絕對(duì)重疊,這一部分突出的蛋白質(zhì)肉眼可見(jiàn)也是重疊的。甚至催化所需的水和催化相關(guān)的鎂離子也是重疊的。

所以非天然堿基對(duì)的形成驅(qū)動(dòng)了從開(kāi)放到閉合聚合酶復(fù)合物的幾乎相同構(gòu)象變化。


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現(xiàn)在我們來(lái)思考:它識(shí)別的到底是什么?

 

因?yàn)槲覀兊呐鋵?duì)并不像沃森-克里克堿基對(duì)。人工堿基確實(shí)形成了沃森-克里克形式的結(jié)構(gòu),但只發(fā)生在必要的在復(fù)制過(guò)程中。因此,科學(xué)家們討論出一種機(jī)制,通過(guò)該機(jī)制,天然堿基對(duì)合成為所謂的誘導(dǎo)契合機(jī)制。它的形成驅(qū)動(dòng)了聚合酶的這種大的構(gòu)象變化。人工的堿基對(duì)不會(huì)被各種各樣奇怪的機(jī)制復(fù)制,它只是通過(guò)相同機(jī)制的微妙變異來(lái)復(fù)制。它的結(jié)構(gòu)驅(qū)動(dòng)聚合酶的大的構(gòu)象變化,但聚合酶的大的構(gòu)象變化會(huì)驅(qū)動(dòng)堿基對(duì)的相互構(gòu)象變化。選擇疏水效應(yīng)可能是我們最幸運(yùn)的事,因?yàn)槭杷?yīng)很強(qiáng),但它不是很有方向性,它能夠按照必要的方式移動(dòng)。并且它足夠靈活,可以從聚合酶中獲取方向以形成正確的結(jié)構(gòu),這樣它就可以合成。

 


從大腸桿菌開(kāi)始



我們花了15年的時(shí)間優(yōu)化這其中的化學(xué)合成工作。現(xiàn)在我們已經(jīng)有了一個(gè)可以很好地復(fù)制的堿基對(duì),可以被聚合酶很好地識(shí)別,我們可以用人工堿基對(duì)制造大量含有它的DNA,它們能非常好地保留高特異性和高效率。因此,我們有了向長(zhǎng)期目標(biāo)發(fā)起進(jìn)攻的信心,我們已經(jīng)掌握了讓其在鮮活組織中工作的系統(tǒng)能力,再回到開(kāi)始的那個(gè)問(wèn)題:我們能否靠擴(kuò)展基因字母表,使活細(xì)胞、活生命體可以做更多事情?為了做到這一點(diǎn),首先要思考的是我們要使用什么樣的生命體。我們選擇了大腸桿菌,因?yàn)椴僮鞔竽c桿菌的工具最為先進(jìn)。

 

我們面對(duì)的第一個(gè)挑戰(zhàn)是如何把我們的人造核苷酸的三磷酸鹽,也就是那兩個(gè)新的字母,放進(jìn)細(xì)胞里?經(jīng)過(guò)大約六個(gè)月的工作,我們注意到有一種不太相干的生物體,一種藻類(lèi),它利用核苷三磷酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,在雙層脂質(zhì)膜間運(yùn)輸這些相同類(lèi)型的單體。這種運(yùn)輸工具的功能是將這些單體從膜的一側(cè)取出并傳遞到另一側(cè)。我們就想,如果把這些蛋白植入大腸桿菌,它們是否可以把我們的單體加入到細(xì)菌生長(zhǎng)的培養(yǎng)基中,并把它們帶到細(xì)菌內(nèi)部,這樣它就可以使用它們了。在這里我用這些小孔來(lái)顯示它們。


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結(jié)果非常好,我們的起始材料得以進(jìn)入活細(xì)胞。接下來(lái)的問(wèn)題是:細(xì)胞會(huì)怎么對(duì)它們?如果我們給細(xì)胞一塊含有人造堿基對(duì)的DNA,它能復(fù)制并隨之生長(zhǎng)嗎?我們花了14或15年的時(shí)間才做到這一點(diǎn),而我已經(jīng)準(zhǔn)備好再花14到15年來(lái)讓它在大腸桿菌中工作。結(jié)果只用了大約三個(gè)星期。自從地球上所有生命的最后一個(gè)共同祖先以來(lái),地球上所有生命一直用四個(gè)字母、兩對(duì)堿基對(duì),每一個(gè)生物都是如此。而這些含有6個(gè)字母,即三對(duì)人工堿基的大腸桿菌細(xì)胞正在生長(zhǎng)、分裂。這太令人興奮了!

 

既然我們可以將DNA存儲(chǔ)在這些活細(xì)胞中,我們能使用它嗎?我們能讓這些細(xì)胞用超過(guò)20種簡(jiǎn)單的氨基酸來(lái)制造蛋白質(zhì),或者用我們挑選出的氨基酸,以便能夠制造出更多樣化的蛋白質(zhì)。所以我必須告訴你一些關(guān)于它工作方式的更多細(xì)節(jié)。

 

現(xiàn)在轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白dXTP和dYTP只是DNA復(fù)制的起始材料。XTP和YTP是你要生產(chǎn)的單體的起始材料,這些單體用于復(fù)制DNA。它們會(huì)被用于將DNA轉(zhuǎn)移到RNA中。你必須制作兩片RNA,一種代表信息的mRNA和一種代表轉(zhuǎn)移的tRNA。在這兩種分子起作用的方式是它們進(jìn)入細(xì)胞的核糖體,mRNA排成列,mRNA具有編碼蛋白質(zhì)的DNA序列,然后tRNA進(jìn)入并引入氨基酸。在這種情況下,它會(huì)引入不同于普通天然氨基酸的人工氨基酸。而且我們不會(huì)用含有新序列中的人工堿基對(duì)來(lái)編碼人工氨基酸。所以我們就想看看我們是否能夠表達(dá)蛋白質(zhì)。我們?nèi)ツ昴甑装l(fā)表了一篇論文,闡明了我們能夠合成蛋白質(zhì)。

 

讓我簡(jiǎn)要介紹一下細(xì)節(jié)。我在這里展示下蛋白質(zhì)的產(chǎn)生,它恰好是一種熒光蛋白質(zhì),所以你可以看到熒光產(chǎn)生了多少蛋白質(zhì)。這是一個(gè)自然的序列,我們?cè)谶@里生產(chǎn)了幾種不同的蛋白質(zhì),它們的生產(chǎn)非常有效率。如果你不添加所有必要的成分,你得到的蛋白質(zhì)會(huì)很少。這個(gè)凝膠很復(fù)雜,但是如果你集中在這最后一條通路,這就是如果你沒(méi)有所有必需品的情況,而如果你都有,那就會(huì)看到轉(zhuǎn)變。因此,我們加入的人工氨基酸有一個(gè)小標(biāo)簽,可以讓我們?cè)谏厦娓郊訓(xùn)|西,這就是我們判斷人工氨基酸存在的辦法。在這種情況下,我們附著的是一個(gè)熒光基團(tuán),它只是一個(gè)發(fā)光的分子,所以它被叫做TAMRA。

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所以當(dāng)你附上它時(shí),你會(huì)看到一條帶子。這就是所謂的電凝膠,一種電泳凝膠。你會(huì)看到蛋白質(zhì)通過(guò)凝膠遷移并形成一條帶的過(guò)程。你看,這條帶子是紅色的因?yàn)樗厦嬗袩晒饣鶊F(tuán),就是說(shuō)它含有人工氨基酸。你們看一下質(zhì)譜數(shù)據(jù)就知道這個(gè)蛋白質(zhì)純度非常高。這是一個(gè)自然控制,這是兩個(gè)自然控制,它們是非常純凈的,而這些是我們的。我們確實(shí)受到了一些污染。請(qǐng)注意,突破就在這里,所以這些是10%到90%,這是低到2%,立竿見(jiàn)影,我們的污染全部小于2%。這已經(jīng)和通過(guò)其他方法引入人工氨基酸的標(biāo)準(zhǔn)一樣好了。這是一個(gè)小細(xì)節(jié),但我想強(qiáng)調(diào)一下,因?yàn)樗苤匾?/span>


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引入的人工氨基酸對(duì)應(yīng)在復(fù)制過(guò)程中丟失的DNA序列。所以錯(cuò)誤不是在蛋白質(zhì)生產(chǎn)過(guò)程中出現(xiàn)的,而是DNA在保留人工堿基對(duì)時(shí)出現(xiàn)的,這確實(shí)是最困難的一步。我想說(shuō)的重點(diǎn)是,我們已經(jīng)在實(shí)驗(yàn)室中開(kāi)發(fā)了一種方法,可以提高保留率,將DNA的保真度提高幾個(gè)數(shù)量級(jí)。 它們沒(méi)有出現(xiàn)在這里,因?yàn)樵谶@些早期的研究中,我們想要表明的是,如果不使用自然編碼所用的單一氫鍵作用,我們也可以使用完全不同的作用力來(lái)編碼信息。因此,不僅我們的字母是新的,而且它們配對(duì)的方式、它們使用作用力的方式,都與自然完全不同。

 

這回到了我之前提到過(guò)的關(guān)于生命分子的概念問(wèn)題:生命的分子有多特別?他們有什么特權(quán)?這些數(shù)據(jù)表明也許生命的分子并不那么特別,也許化學(xué)家可以理解和培養(yǎng)的許多不同種類(lèi)的分子、不同的作用力,都是合適的。

 

我們成立了一家生物技術(shù)公司,該公司正將這個(gè)技術(shù)商業(yè)化,生產(chǎn)用于治療特定疾病的蛋白質(zhì)。這是我演講想展示的最后一個(gè)部分。我們稱之為SSO,即半合成生命體(semi-synthetic organism)。這是他們成長(zhǎng)和分裂的實(shí)際情況。自從最后一個(gè)共同的祖先以來(lái),地球上的所有生命都被四個(gè)字母、兩對(duì)堿基對(duì)、以及20個(gè)天然氨基酸編碼而成。而這些正在成長(zhǎng)的細(xì)胞是有著六個(gè)字母、三個(gè)堿基對(duì),以及它們?cè)谶@種情況下是用21個(gè)氨基酸來(lái)制造蛋白質(zhì)。


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我的演講就到這里,謝謝大家。




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